Jemaat Batu Karang Nonohonis secara resmi berdiri sebagai Jemaat Mandiri di GMIT pada Tanggal 1 Okotber 2014 berdasarkan Surat Keputusan Majelis Sinode GMIT Nomor.043/SK/MS-GMIT/2014 yang ditanda-tangani oleh Pdt. Robert Litelnoni, STh selaku Ketua Sinode dan Pdt. Benjamin Naralulu, MTh sebagai Sekretaris.
Pada awalnya, jemaat ini merupakan bagian dari Jemaat Lewi Oenasi sejak Jemaat lewi berdiri pada tahun 1958. Namun seiring perkembangan jumlah jemaat lewi yang terus berkembang pesat, maka dalam persidangan Jemaat Lewi pada tanggal 21-23 Januari 2027 mulai dipercakapkan perlunya membangun sebuah Pos Pelayanan di Jemaat Oenasi sebelah Kali untuk mendekatkan pelayanan sekalian menjawab pergumulan jemaat saat itu yakni jarak ke gereja yang cukup jauh untuk jemaat pejalan kaki, dan juga kali oenasi yang masih sulit dilintasi pada musim hujan karena belum ada jembatan permanen.
Percakapan dalam sidang tersebut kemudian menghasilkan sebuah kesepakatan untuk membeli sebidang tanah untuk keperluan Pos pelayanan kedepan, dan akhirnya proses pembelian tanah yang diketuai oleh Pnt. Yorhans Pandie tersebut, berhasil memperoleh sebidang tanah yang saat ini menjadi Lokasi berdirinya Gedung Gereja Jemaat Batu Karang seluas 4.032M2 seharga Rp.25.000.000 dari Keluarga Bapak Simon Lasfeto (Alm) sebagai pemilik yang dibayar secara cicil sebanyak 2 kali, dimana kali pertama sebesar Rp.15.000.000 dan kali kedua Rp.10.000.000.
Setelah kebutuhan tanah tersedia, maka pada persidangan Jemaat Lewi tahun berikutnya (Tahun 2008), tepatnya 3 Februari 2008 disepakati untuk segera membentuk panitia Pembangunan Pos Pelayanan yang baru sekaligus membangun kantor Gereja Lewi Oenasi, yang kemudian di legitimasi dengan SK Majelis Jemaat Lewi Oenasi Nomor.03/SK-MJ-GMIT/2008, Tanggal 10 April 2008 tentang Pembentukan Panitia Pembangunan Pos Pelayanan Bukit Karang dan Kantor Gereja Lewi Oenasi yang diketuai oleh Bapak Oktofianus Nabunome ; Dari sini jelas terbaca bahwa awal mula Jemaat ini, dikenal dengan nama Pos Pelayanan Bukit Karang.
Tindak lanjut dari pembentukan panitia adalah pada tanggal 10-11 Agustus 2008, dilakukan pembersihan lokasi pembangunan pertama kali untuk maksud dimulainya Pembangunan fisik. Sambil menunggu waktu peletakan batu pertama, maka proses Pembangunan dilakukan dengan membangun tembok penahan sepanjang 203,5 meter pada tanggal 21 Agustus s/d 5 september 2008 ; hingga akhirnya pada tanggal 30 Mei 2009 barulah Pembangunan Gedung mulai dilaksanakan, yang ditandai dengan peletakan Batu Pertama Pembangunan Pos Pelayanan oleh Majelis Sinode GMIT (saat itu diwakili oleh Pdt. Jusuf Nakmofa, MTh), Bupati Timor Tengah Selatan, Ir. PVR. Mella, Msi, Pdt. Samuel Beis, STh dan Majelis Jemaat Harian Lewi Oenasi.
Kebaktian peletakan Batu Pertama dipimpin oleh Pdt. Yusuf Nakmofa, MTh dihadiri oleh Jemaat laki-laki sebanyak 137 orang dan Perempuan sebanyak 375 orang dengan Bacaan Alkitab dari Ulangan 8 : 12-17 dan Nats pembimbing dari 1 Korintus 5 : 10.
Awal pembangunan pos pelayanan dilaksanakan dengan memanfaatkan dana sebesar Rp.224.000.000 yang bersumber dari APBJ jemaat Lewi Oenasi, swadaya jemaat dan sumbangan pihak ketiga.
Pembangunan gedung Pos pelayanan yang mulai bergulir setelah peletakan batu pertama itu, kemudian mengalami hambatan ; tepatnya Rabu 2 September 2009, kira-kira Pukul 11.00 siang terjadi angin puting beliung yang mengakibatkan seluruh konstruksi bangunan yang sementara dikerjakan runtuh seketika yang mengakibatkan pekerjaan pembangunan terpaksa diberhentikan untuk beberapa waktu lamanya.
Dengan semangat yang menyala-nyala, setelah 2 bulan lamanya proses pembangunan berhenti, maka pada tanggal 3 November 2009 beberapa orang panitia, diantaranya Bapak Oktofianus Nabunome, Bapak Yorhans Pandie, dan juga beberapa anggota jemaat lainnya berkumpul di rumah Bapak Obed Naitboho untuk membicarakan pembangunan kembali pos pelayanan. Dari pertemuan itu mereka bersepakat untuk melanjutkan lagi proses pembangunan, dan kemudian pada sabtu, 29 Mei 2010 proses pembangunan dimulai kembali dan seiring berjalannya waktu, gedung pos pelayanan tersebutpun bisa diselesaikan dan dapat digunakan sebagai tempat beribadah dengan luasan 369M2. Selesainya pembangunan ditandai dengan Doa syukur pembangunan pos pelayanan yang dilaksanakan pada Kamis, 2 September 2011 ; tepat 2 tahun setelah angin puting beliung merobohkannya.
Meskipun gedung pos pelayanan telah selesai dibangun, namun kegiatan pelayanan belum dapat dilaksanakan saat itu, karena status sebagai Pos pelayananpun belum ditetapkan. Karena itu sambil menunggu status ditetapkan, muncullah beberapa usulan untuk mengganti nama Bukit Karang karena dianggap tidak memiliki dasar Alkitabiah. Menanggapi opini ini, maka pada tanggal 21 Juli 2012 terjadilah pertemuan antara panitia pembangunan dan Majelis Harian Lewi Oenasi dan membahas nama pos pelayanan ini, dan akhirnya disepakati nama baru yakni : BATU KARANG, yang didasarkan pada kutipan ayat Alkitab dalam Matius 16 : 18b, …diatas batu karang ini, Aku akan mendirikan JemaatKu dan alam maut tidak akan menguasainya. Penggunaan kata “karang” dalam penyebutan awalnya bukit karang dan telah menjadi batu karang, disebabkan karena lokasi pembangunan gedung gereja saat itu, struktur tanahnya didominasi oleh batu karang yang padat dan banyak, makanya dalam pembicaraanpun tidak meluputkan istilah karang dalam pemberian nama pos pelayanan ini.
Setelah resmi nama Batu Karang digunakan, maka pada Minggu, 2 Desember 2012 status jemaat ini sebagai Pos pelayanan Batu Karang diresmikan, yang ditandai dengan Kebaktian perdana yang dipimpin oleh Pdt. Eben Telnoni, STh selaku Ketua Klasis Kota Soe saat itu.
Kebaktian pertama kali ini dihadiri oleh jemaat laki-laki sebanyak 237 orang dan perempuan sebanyak 564 orang yang mengambil bacaan Alkitab dari Mazmur 8 : 1-10 dengan nats pembimbing dari Mazmur 8 : 10 ; dan untuk selanjutnya pelayanan di Pos pelayanan Batu Karang dilaksanakan sesuai dengan ketentuan GMIT.
Jumlah jemaat mula-mula saat pelayanan dimulai sempat mengalami distorsi dan tidak sempat didata secara pasti, karena kesepakatan saat persidangan di Jemaat Lewi, menyatakan bahwa seluruh jemaat di wilayah Nonohonis akan menjadi anggota Pos pelayanan Batu Karang, sedangkan jemaat diwilayah oenasi tetap menjadi jemaat Lewi Oenasi ; namun akibat pro dan kontra dari sebagian keluarga, maka penataan jemaat dikembalikan pada keputusan masing-masing keluarga ; apakah tetap mengikuti Jemaat Lewi Oenasi ataukah menjadi jemaat di Pos Pelayanan Batu Karang. Dari pro dan kontra tersebut, kemudian diambilah keputusan bahwa yang menjadi jemaat mula-mula di pos pelayanan Batu Karang Nonohonis adalah 923 jiwa yang tergabung dalam 236 KK dan 13 rayon pelayanan ; sedangkan yang menjadi Penanggung-jawab Pos pelayanan pertama adalah Bapak Pnt. Yorhans Pandie, sementara untuk pelayanan
kependetaan tetap dilayani oleh Pendeta dari Jemaat Lewi Oenasi yang saat itu dijabat oleh Pdt. Maria Haekase-Benu, STh, dan Pdt. Sarah Boru-Fiaala, STh.
13 Rayon mula-mula pada Pos pelayanan Batu Karang Nonohonis adalah :
- Rayon Tunas Harapan 1
- Rayon Tunas Harapan 3A
- Rayon Tunas Harapan 4B
- Rayon Tunas Harapan 4B
- Rayon Tunas Harapan 4C
- Rayon Tunas Harapan 5A
- Rayon Tunas Harapan 5B
- Kampung Baru A
- Kampung Baru B
- Rayon Nonohonis A
- Rayon Nonohonis B
- Rayon Tunas Baru
- Rayon Ayalon
Untuk melayani jemaat di Pos pelayanan Batu Karang Nonohonis mula-mula, diutuslah 10 Majelis yang awalnya sebagai pelayan di jemaat Lewi Oenasi yakni :
- Bapak Yorhans Pandie
- Bapak Oktovianus Nabunome
- Ibu Yuliana Taopan-Henukh
- Bapak Oktovianus Tenistuan
- Ibu Ariantje Oematan – Malelak
- Ibu Antoneta Rupiasa-Benu
- Bapak Albinus O. Kase
- Bapak Nahason Koy
- Bapak Yohanis Oematan
- Ibu Margarita Naitboho- Nokas
Setelah 2 tahun menjalani pelayanan dengan status Pos pelayanan, maka seiring bergulirnya waktu, dengan mempertimbangkan jumlah Jemaat dan berbagai aspek kemandirian lainnya, pada tanggal 1 Oktober 2014 berdasarkan Surat Keputusan Majelis Sinode GMIT Nomor. 043/SK/MS-GMIT/2014 status pos pelayanan ditingkatkan menjadi Jemaat GMIT mandiri dengan nama JEMAAT BATU KARANG NONOHONIS.
Pada saat pemandirian, Jemaat Batu Karang Nonohonis terdiri dari 1.497 jiwa (305 KK), 858 Anggota sidi, 285 pasangan Nikah. Juga untuk kelancaran pelayanan, maka dibentuklah 73 orang majelis jemaat untuk melayani di 13 rayon pelayanan.
Meski sudah dimandirikan, namun selama 2 tahun jemaat ini belum ada penempatan Pendeta, sehingga pelayanan masih ditangani oleh Pdt. Eben Telnoni, STh selaku Ketua Klasis saat itu, hingga akhirnya pada 14 Agustus 2016, Majelis Sinode GMIT menempatkan Pdt. Beltje Juliana Kesaulya – Sahetapy, S.Ag sebagai Pendeta sekaligus Ketua Majelis Jemaat Batu Karang Nonohonis yang melayani hingga November 2025, lalu digantikan oleh Pdt.Yohanis Z. Kebakole, S.Si-Teol hingga saat ini.
Catatan :Berdasarkan catatan hasil Sidang Jemaat istimewa, maka sejarah Jemaat Batu Karang Nonohonis masih akan disempurnakan melalui pertemuan dengan para pelaku sejarah.